La enterobiasis se puede confundir con la Larva de strongyloides stercolaris, sin embrago se debe tomar en cuanta sus características morfológicas para su diferenciación, aunque para tener mas éxito se puede utilizar técnicas moleculares como la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) esta técnica molecular permite la identificación de Enterobius Vermicularis a través de cebadores (primers) dirigidos al gen mitocondrial Cox1, ademas de un examen coprológico.
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